Lo fundaron en 1950 un grupo de entusiastas aficionados a nuestro deporte, reunidos en las Escuelas Pías de la capital vizcaína y capitaneados por Vicente Gallego. Entre los jóvenes que le siguieron estaba Paco Díez, un personaje principal en la posterior evolución del baloncesto en Vizcaya, y también un grupo de vascos recién regresados de la ex colonia de Filipinas, donde se habían iniciado en el nuevo deporte.

La historia del Aguilas arrancó en 2ª División, y con los años llegó a ser un equipo de referencia en la nueva Liga Nacional de Primera División. Por sus filas pasaron jugadores importantes como Emiliano, Aike y Jorge Guillén, además de Antonio Díaz Miguel, quien tras su etapa de jugador inició precisamente en su banquillo su larga trayectoria como entrenador.

En definitiva, un club más que histórico, que desapareció definitivamente en 1980, en pleno proceso de profesionalización del baloncesto español.

En el fondo documental del Museo FEB, en la ciudad de Alcobendas, se conserva un ejemplar original de la guía editada por el club Aguilas de Bilbao en 1975, en conmemoración del 25 aniversario de su fundación.