Posteriormente se incorporó como entrenador ayudante al equipo técnico de la Universidad de Salamanca, de donde nació el actual Perfumerías Avenida, al tiempo que dirigía al equipo infantil del Amor de Dios. En 1993, en el Halcón Viajes, se convirtió en el entrenador ayudante de Tito Sobrín y Javier García. En 1995 pasó a ser primer entrenador de una plantilla que contaba, entre otras jugadoras de primer nivel, con Amaya Valdemoro. En 1998 regresó al trabajo de cantera del club salmantino, labor en la que permaneció hasta que en enero de 2003 se hizo de nuevo cargo del primer equipo tras la dimisión de Jorge Méndez, aunque sin abandonar las tareas de coordinación de los equipos de cantera. Finalmente, al concluir la pasada temporada anunció su decisión de abandonar temporalmente Salamanca para aceptar una oferta del Wisla Can-Pack de Cracovia (Polonia) que calificó de “irrechazable” y que en principio era sólo por un año. En su palmarés destaca el subcampeonato de Europa 2009 al frente del Perfumerías Avenida, los títulos de Copa de la Reina de 2005 y 2006 y el de la Liga de 2006. Con él en el banquillo, el equipo salmantino alcanzó asimismo cuatro subcampeonatos de Liga y otros dos de Copa. Además de su trabajo en el club, José Ignacio Hernández forma parte del equipo de entrenadores del Gabinete Técnico de la FEB desde 2007, año desde el cual ha dirigido a la selección U16 femenina con unos resultados extraordinarios en otros tantos Campeonatos de Europa: medalla de plata en 2007 y medallas de oro en 2008 y 2009.