Nacido en Madrid en 1947, Santos Moraga siempre ha ligado su vida profesional en la empresa privada a la práctica y gestión deportiva. Su primer contacto con el baloncesto se produjo a los 15 años como jugador, aunque antes había practicado fútbol y atletismo. De las canchas pasó a los banquillos y a la gestión deportiva, colaborando con la Federación de Baloncesto de Madrid (entonces denominada Federación Madrileña). De hecho, fue secretario general de la fase de Madrid en el Mundial masculino de 1986.

En 1997, el presidente de la FBM, Juan Martín Caño, le confió la gestión económica de la federación como tesorero y, en 2008, le nombró vicepresidente primero. Durante más de veinte años, y a pesar de la crisis económica, la Federación de Baloncesto de Madrid ha mantenido una absoluta solvencia tanto en el aspecto deportivo (con aumento en el número de equipos federados todas las temporadas) como en el económico.

Entre otros cargos relacionados con el deporte madrileño, Santos Moraga fue director general del Estadio de la Comunidad de Madrid (ahora convertido en el Wanda Metropolitano) entre diciembre de 1995 y 2003, y formó parte del Comité Ejecutivo del Campeonato de Europa Júnior de baloncesto celebrado en 2008.

En septiembre de 2018, tras el fallecimiento de Juan Martín Caño, Santos Moraga fue elegido presidente de la FBM, cargo que renueva ahora.