Sin embargo, en 1999 dio mucho que hablar por un gravísimo problema: el 22 de septiembre, sólo dieciocho días después de su inauguración en un partido contra el Barcelona, el ayuntamiento decretaba su cierre cautelar. ¿El motivo? Que técnicos municipales habían detectado importantes irregularidades en la obra que comprometían gravemente la seguridad del recinto. Dicho más claramente: el pabellón se hundía.

Ya se habían observado algunas grietas el día de la inauguración, pero la alarma cundió de verdad cuando, en mitad de un entrenamiento del Unicaja, se desprendió y cayó sobre las gradas con enorme estruendo una barra de la estructura de la cubierta, accidente que se repitió el día de la clausura del pabellón. Un portavoz de la empresa constructora, Ferrovial-Agromán, atribuyó el problema a "problemas de cimentación originados en el comportamiento imprevisible del suelo", por la existencia de cauces de aguas subterráneos. El pabellón se halla en una zona de humedales, junto a la desembocadura del río Guadalhorce. 

El cierre era un problemón. Para el Unicaja, que tuvo que volver a jugar en Ciudad Jardín, donde no cabían más que 5.000 de sus 8.511 abonados, casi la mitad de ellos nuevos, atraídos por el flamante pabellón. Y para la Copa del Rey, que tenía que disputarse allí en enero del año siguiente y que finalmente se trasladó a Vitoria.

En medio de una ruidosa tormenta política, el Ayuntamiento que presidía Celia Villalobos explicó, por boca de Francisco de la Torre, entonces concejal de Urbanismo y después alcalde de la ciudad, que "no fue un problema de prisa" por la inauguración, que se había hecho en el momento adecuado, pero que algunas partes del pabellón (que había costado casi 3.000 millones de pesetas) estaban soportando más peso del previsto. La oposición acusó al PP de irresponsable y la Junta de Andalucía se quejó de no haber sido consultada sobre la adjudicación de la obra, a pesar de que el gobierno autonómico pagaba la mitad, ni sobre la fecha de autorización. El recinto pudo volver a utilizarse el 14 de julio del 2000, para una prueba de trial. El Ayuntamiento pactó con la constructora. Y ya no ha habido más sustos.